Федеральная целевая программа "Уничтожение запасов химического оружия в Российской Федерации"
Федеральная целевая программа "Обеспечение ядерной и радиационной безопасности на 2008 и на период до 2015 года"
Федеральная целевая программа "Государственная граница Российской Федерации (2003 - 2011 годы)"
Федеральная целевая программа "Повышение устойчивости жилых домов, основных объектов и систем жизнеобеспечения в сейсмических районах Российской Федерации на 2009 - 2018 годы"
Федеральная целевая программа "Развитие уголовно-исполнительной системы (2007 - 2016 годы)"
Федеральная целевая программа "Реструктуризация запасов ракет, боеприпасов и взрывчатых материалов, приведение системы их хранения и эксплуатации во взрывопожаробезопасное состояние на 2005 - 2011 годы"
Федеральная целевая программа "Модернизация Единой системы организации воздушного движения Российской Федерации (2009 - 2020 годы)"
Федеральная целевая программа "Пожарная безопасность в Российской Федерации на период до 2012 года"
Федеральная целевая программа "Национальная система химической и биологической безопасности Российской Федерации (2009 - 2014 годы)"
Федеральная целевая программа "Промышленная утилизация вооружения и военной техники (2005 - 2010 годы)"
   Подпрограмма "Промышленная утилизация атомных подводных лодок, надводных кораблей с ядерными энергетическими установками, судов атомного технологического обслуживания и реабилитация береговых технических баз (2005 - 2010 годы)"
   Расходы общепрограммного характера по федеральной целевой программе "Промышленная утилизация вооружения и военной техники (2005 - 2010 годы)"
Федеральная целевая программа "Повышение безопасности дорожного движения в 2006 - 2012 годах"
Федеральная целевая программа "Создание системы базирования Черноморского флота на территории Российской Федерации в 2005 - 2021 годах"
Федеральная целевая программа "Совершенствование федеральной системы разведки и контроля воздушного пространства Российской Федерации (2007 - 2015 годы)"
Федеральная целевая программа "Снижение рисков и смягчение последствий чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера в Российской Федерации до 2010 года"
Федеральная целевая программа "Преодоление последствий радиационных аварий на период до 2010 года"
Федеральная целевая программа "Мировой океан" (проект)
   Подпрограмма "Военно-стратегические интересы России в Мировом океане"
   Подпрограмма "Исследование природы Мирового океана"
   Подпрограмма "Освоение и использование Арктики"
   Подпрограмма "Изучение и исследование Антарктики"
   Подпрограмма "Создание единой государственной системы информации об обстановке в Мировом океане"
   Мероприятия Государственного заказчика-координатора